Datasets:

AI4Protein
/

TAPE_Stability

name stringlengths 4 45	aa_seq stringlengths 43 50	protein_length int64 43 50	topology stringlengths 3 21	parent stringlengths 4 45	label float64 -1.97 3.4
EEHEE_rd1_0001.pdb	GSQEVNSGTQTYKNASPEEAERIARKAGATTWTEKGNKWEIRI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0001	0.17
EEHEE_rd1_0001.pdb_hp	GSTTIEEAQNKKYQAEPRSWTKAGRTIGGKNWETEVNRAEASI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0001	-0.18
EEHEE_rd1_0001.pdb_random	GSRETKKITTVGARGEATAEQAATEEGPKNNSRISNYKEQWWI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0001	1.36
EEHEE_rd1_0002.pdb	GSYELEVGNYRYRADDPEQLKEEAKKVGARDVQTDGNNFKVRG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0002	0.65
EEHEE_rd1_0002.pdb_hp	GSYKGDLLYENREADNVYKATKRGRDPFGERGKEDVQNVEVQA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0002	-0.47
EEHEE_rd1_0002.pdb_random	GSYAKDKEGLYDAGYGTRRPEVADRGNEEKVKLNVNEQQVDRF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0002	-0.15
EEHEE_rd1_0003.pdb	GSWRVHFRGETYTADTEDDAKQLAKDAGARRIESSNGEVRVEL	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0003	0.06
EEHEE_rd1_0003.pdb_hp	GSIRLEVRGHTQSASNRKDATRAVTDGWGKDVEEYDLEARAEF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0003	-0.9
EEHEE_rd1_0003.pdb_random	GSEELTHNWDEEFAGVRQTGDSATRYGVAKAVKERDLASRDRI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0003	-0.77
EEHEE_rd1_0004.pdb	GSYTIEENGEKYTFRTRDEAEEWARRQGAQTVETRGTELRSRA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0004	-0.32
EEHEE_rd1_0004.pdb_hp	GSKEAYETITQRTARSEDNGEEWFRERAARQLETRGYTVTREG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0004	0.4
EEHEE_rd1_0004.pdb_random	GSVEEETEEWIAQARSNTDRQERLEKAYRGTGYRTFERRTATG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0004	0.03
EEHEE_rd1_0005.pdb	GSVELEDNGRRVEATSTQEARDRAKKEGATTWTESGTRIEVRG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0005	-1.18
EEHEE_rd1_0005.pdb_hp	GSAEVKTTVRDGTGKDEERGTNRIETRWARTGSERAEQVSAEL	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0005	-0.65
EEHEE_rd1_0005.pdb_random	GSQEERTESSVTEKRTRTGTAIDNEAEKWLVRTVGGAERDARG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0005	-0.42
EEHEE_rd1_0006.pdb	GSWEVEVQGKRYEASTEDEAEEWARREGATEIRTDGNRIEVRK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0006	0.26
EEHEE_rd1_0006.pdb_hp	GSIEAYIRVRERSVRQEREGEEAGTKDGARNWEETAEKWDVET	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0006	-0.24
EEHEE_rd1_0006.pdb_random	GSEATTKREENRAAWWVGERVVYEEIGDRETEIAKDQRSEEGR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0006	-0.39
EEHEE_rd1_0007.pdb	GSQTVKDGTKTIDTDNADETAEKLARKYNGTYEKRGDEVEVRW	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0007	0.2
EEHEE_rd1_0007.pdb_random	GSDIYVKERNGVATRLTEKDATETDRDDTAEKQEGKYVWTNKG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0007	-0.66
EEHEE_rd1_0008.pdb	GSVRVEINGQEYDADTTEEAKRWAKEQGARKIQTKGTKLEVHK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0008	0.17
EEHEE_rd1_0008.pdb_hp	GSGEITVQARQEDIKKDKTARTVAHKNVGKEGEQEAERWKLYT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0008	-0.32
EEHEE_rd1_0008.pdb_random	GSRKGQERTLKVGVDAENQEQTDWETARIEKTVAIKEGAKHKY	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0008	-0.65
EEHEE_rd1_0009.pdb	GSWTVRLGTYEYTASSSEEAERWAKKLGATTWTTDGNEIEFRK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0009	-0.12
EEHEE_rd1_0009.pdb_hp	GSFSIKLAKTDYSWNTRYKWTRALSTAGWEEAETTVEEGEGRT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0009	0.01
EEHEE_rd1_0009.pdb_random	GSRYFDTWKSTELAWWETSEGELTTSKNRTAKIYEGRAGTAEV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0009	-0.5
EEHEE_rd1_0010.pdb	GSYTLTNGTEKYDARSAEEAKKWAKKRGAQSWTVDGNHVEVRE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0010	-0.13
EEHEE_rd1_0010.pdb_hp	GSQKAYKGEHKDNGKEASNLETAVYRKVADRWTVRGTTWSAEE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0010	-0.29
EEHEE_rd1_0011.pdb	GSKTFDVNGETYQGPNAEKEARRQAEEQNRPIQRDGNRFEVHT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0011	-0.15
EEHEE_rd1_0011.pdb_hp	GSEQFTGNPNKENAARGTEKARDDPNERYQVVEQEGRQITFHR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0011	-0.31
EEHEE_rd1_0011.pdb_random	GSDEQTGARRQGATEEVFTNNQKDKEHFPPQGYINEVRNEARR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0011	0.06
EEHEE_rd1_0012.pdb	GSARYTVNGETYTARSEEEAEKEAKKRGAKTWRRENGELHFTV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0012	0.21
EEHEE_rd1_0012.pdb_hp	GSVEKTWEVRNETLRKRRYFEKTGTREGAEEANEHKATGYASA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0012	-0.07
EEHEE_rd1_0012.pdb_random	GSYETAKGRAVGAAEWAYRKEETTHKFNRKEETNLEGRSERVT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0012	0.01
EEHEE_rd1_0013.pdb	GSPKVEVGNKTFTAPTEEAARRAAKKYGANEVRKHGDRFEVHK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0013	-0.02
EEHEE_rd1_0013.pdb_hp	GSGNAKAPRKTVTVAKNTVAERGFKKRAGRYFDEEAHEPHVEK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0013	0.04
EEHEE_rd1_0013.pdb_random	GSVFRHAGKEAEEYRHAVRGKGKNTATVVKFRAKAEEPNKDPT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0013	-0.04
EEHEE_rd1_0014.pdb	GSYTVESGTKRYNASSEDEAKEWAKKEGATTWTTKGTRVEVQE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0014	0.14
EEHEE_rd1_0014.pdb_hp	GSENGTEATEQTYVTKKRSAKTGGSSKAWKRVEDEATEWYVET	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0014	0.19
EEHEE_rd1_0014.pdb_random	GSNAVEATSAEGVSAWYKQTKTETEKTWRYKVEEDGSKTERGT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0014	0.15
EEHEE_rd1_0015.pdb	GSITVTIGTTTYTFRSTDEAQEYAKRQGATTEHTHGNTYEFRF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0015	0.23
EEHEE_rd1_0015.pdb_hp	GSIRGYFIYTSTHGTETQKGNEYADRTAFTTTTERFTQTHAEV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0015	0.11
EEHEE_rd1_0016.pdb	GSPEVRDNGKTYKASTDEEAERIARNLGASEINVSNGEVEVRR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0016	-0.05
EEHEE_rd1_0016.pdb_hp	GSGSPRSKGEENNVKNENYARELADEVAARTVTISRIEGEVRD	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0016	0.39
EEHEE_rd1_0016.pdb_random	GSAYTGVIENIKRRDVGENVSDEEAARAVPKELEGNSNSTRER	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0016	-1.09
EEHEE_rd1_0017.pdb	GSTSVEVGNLQYDGDDDEAKKRAKDDAGARTERRSNGRVEWEV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0017	0.3
EEHEE_rd1_0017.pdb_hp	GSRDGELWDGKDRGRSDKAKEDVEEYVAVRENQNTTASGRADV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0017	0.28
EEHEE_rd1_0017.pdb_random	GSADEKDRVSGDVEDEWDNNKARDRTQSTARLVEGERGKYVAG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0017	0.15
EEHEE_rd1_0018.pdb	GSPRYKSGTEEYRGGTEDQAEKTREKDGAQTSEKRGNEIRIQA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0018	0.06
EEHEE_rd1_0018.pdb_hp	GSGERSEINEKKKPGDRYRATRETTRTGIEQDKEYAQQGSAEG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0018	0.31
EEHEE_rd1_0018.pdb_random	GSKIQRKGNPEQGGRGITDYGRQKEEAEARSSKEATYTTEDRE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0018	-0.1
EEHEE_rd1_0019.pdb	GSYKVDINGETYTASTRDEAEERARRAGAKTFREDNGEIEVHK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0019	0.33
EEHEE_rd1_0019.pdb_hp	GSNDASIDVREYEGRTEHTARERGREVAAKTFKDEEIYAKGNT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0019	0.3
EEHEE_rd1_0019.pdb_random	GSTNGEHRTDVKYEAARDKFADTGEKEERENRVSGIAIRTYAE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0019	0.01
EEHEE_rd1_0020.pdb	GSYKVDIGPQTYDVDSTEEAKELAKKAGATTVRVDGNTIEVRK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0020	0.18
EEHEE_rd1_0020.pdb_hp	GSYKGEIPISTDKVEENTRVTTAAKDLGVKQVEAKGYDVTADR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0020	0.24
EEHEE_rd1_0020.pdb_random	GSVVGQGDTKVKASETGDTDARDPETILETKAAYYVNREKKIV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0020	-0.29
EEHEE_rd1_0021.pdb	GSYEIRVGNLRYEGPDPDKLQKLAKKAGATTWTQDGNTWRVQV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0021	-0.16
EEHEE_rd1_0021.pdb_hp	GSDRWTGPDADETLVKAYQGNKAVRKGLPTNWRQQGETLKIYV	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0021	-0.13
EEHEE_rd1_0021.pdb_random	GSQVQGLRNEDANVTATKGDTKKTWPLWGEKYVLAIGRDQPRY	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0021	-0.34
EEHEE_rd1_0022.pdb	GSIELESGNEHYTFKTEEEARRWAKKQGAKTWTRDGDRIRVQQ	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0022	-0.09
EEHEE_rd1_0022.pdb_hp	GSGEIQSVTDRRRGTTEQYGEQIWDKEWLTKAERNAHEARFKK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0022	0.1
EEHEE_rd1_0022.pdb_random	GSKEYGSEATRGRKLKTNTVTEKWERDDFRIGQWIARHEAQEQ	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0022	0.31
EEHEE_rd1_0023.pdb	GSKRVEVGTKEFTATSTKEAEDIARKEGARTVQTDGDRYEVRK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0023	0.44
EEHEE_rd1_0023.pdb_hp	GSREVTAAETRIDGEETKDVRKAGSDTVGYKARKKFTQTEVER	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0023	-0.17
EEHEE_rd1_0023.pdb_random	GSEDVGASGVRAEERKTKRDGEKTKRVFVTEATERDTTIYKQA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0023	-0.54
EEHEE_rd1_0024.pdb	GSTRVRDGNTEYEAGNPEEARRWAEEAGARSVEIRGETVRSQR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0024	0.11
EEHEE_rd1_0024.pdb_hp	GSDRAREVETRYNAWEGRRPEEIAREVAGRSVEGSGERANQTT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0024	0.06
EEHEE_rd1_0024.pdb_random	GSDGEASGRRRTGIYERVEWTQSNNAEGRVEVEAERRAAPRET	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0024	0.19
EEHEE_rd1_0025.pdb	GSGEVTFNGETYRFSSDEEAREYAERQGAQQVKETNGRFHWHG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0025	-0
EEHEE_rd1_0025.pdb_hp	GSFNGSGEGENYRWQDHTRGEEEVEYEFASRVHQRTGTAQAKF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0025	0.15
EEHEE_rd1_0025.pdb_random	GSSAHEFGTGGRYDTRRTWEFQEKSNQAEAVFGVHQYEGEREN	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0025	-0.55
EEHEE_rd1_0026.pdb	GSIRFRVGTLEFESSDPEEARRRARKAGATREETHGDTYRLQA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0026	-0.14
EEHEE_rd1_0026.pdb_hp	GSVRGEFARPKGSEDRLRTLRSTATEFAARHYEQRIDERTAEG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0026	-0.18
EEHEE_rd1_0026.pdb_random	GSDERRRRGSRRKIEAATASEHRGGTYFPRLFQEVELTETAAD	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0026	0.13
EEHEE_rd1_0027.pdb	GSYTVEVNGQRYEFSSSEEAERWARKQGATEVEKDGTRIRVRT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0027	0.72
EEHEE_rd1_0027.pdb_hp	GSETFKVRVQSDRIYESKEGTTAVRTRVAYRGNQEGSEAEWER	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0027	0.04
EEHEE_rd1_0027.pdb_random	GSEFGEAERVRAEQSDWRGSYTTTNKTRQSREVYVIRVEEGKA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0027	-0.27
EEHEE_rd1_0028.pdb	GSYEVNLNGKTFTFDSPQKADEQAKKEGATTREKHGNEFRYRG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0028	1.28
EEHEE_rd1_0028.pdb_hp	GSHEGNGTFRDGTGTYVKKANERASTQPFEEKDKQLREAYNKF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0028	-0.02
EEHEE_rd1_0028.pdb_random	GSLDERFERHTGASKPENQNNKTAFDYYATKFKEQVGTGGEKR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0028	0.46
EEHEE_rd1_0029.pdb	GSTTITFKGQEFTATTDDEREEARKKAGAKTYKEENGQVKLQE	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0029	0.25
EEHEE_rd1_0029.pdb_hp	GSKEFTLDATRVYAEEKTRTDEGNTEAIGETKKKQKAQFEGQT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0029	0.12
EEHEE_rd1_0029.pdb_random	GSEATEKAGKLTIQTTEVKDREGTKKFETFNYQTGAAEREQKD	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0029	0.03
EEHEE_rd1_0030.pdb	GSPTYRIDGQKFTGTDEDTRQKARDERDATTVQTDGDTYQLTK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0030	-1
EEHEE_rd1_0030.pdb_hp	GSGETRVKGYKAKPDTTQQDEDATTTRTGDYLDRTIQRDDFQT	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0030	-0.12
EEHEE_rd1_0030.pdb_random	GSRVYTQKFDARTGDQGTRDYQTDTEDPKTDQELIRGTTKTDA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0030	0.43
EEHEE_rd1_0031.pdb	GSREITIGTWRFTGDDDDQKEEAKRQANPQRTTEDGNEIRSQI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0031	-0.35
EEHEE_rd1_0031.pdb_hp	GSQRWEIGKITINFTEDDRTDSIQETARARDEKTQPEDGQNRG	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0031	0.33
EEHEE_rd1_0031.pdb_random	GSEDNRDRKTRKPTERDITAQTWGATQSEQDDIGGEQIINEFR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0031	-0.55
EEHEE_rd1_0032.pdb	GSPRIHIGTKTYEFSSDEEAKERARREGATRIEKHGNEFRIQP	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0032	-0.09
EEHEE_rd1_0032.pdb_hp	GSPYPEIAEETDQFEHTRSISNEGETHAGRRGRKRIRKFKAEI	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0032	0.67
EEHEE_rd1_0032.pdb_random	GSTAIPYIGRGKFIEFIEPEREERHRHNSDQARGTAEKKTESR	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0032	0.06
EEHEE_rd1_0033.pdb	GSYKVRNGNETYTANSEDTARNIAKKIGAREVRVDGQEVEVRL	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0033	-0.15
EEHEE_rd1_0033.pdb_hp	GSETASTVTKYNRANERKRADRVIKQGVIYEGEVEGDNVRLNA	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0033	-0.08
EEHEE_rd1_0033.pdb_random	GSNTEGEANKIRVGRVTLSGTRIYKEAEQNVNYVRADRAEDVK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0033	-0.46
EEHEE_rd1_0034.pdb	GSVTVEVGGKTFTATSESEAEEIAKRYGATKKTKKGTKFEYRP	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0034	-0.4
EEHEE_rd1_0034.pdb_hp	GSGEATVAGRKAEGEYTKTPTKAGTETVIESRKSKVTEFKYKF	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0034	1.01
EEHEE_rd1_0034.pdb_random	GSFKKEETEVGSIETKVKRTAYTGVTEFYSEKTTPAGARAKGK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0034	-0.72
EEHEE_rd1_0035.pdb	GSGEVRSHGQRYTASSKDEAREWAKKWGATEVKEDGNRWEVRK	43	EEHEE	EEHEE_rd1_0035	-0.03

End of preview. Expand in Data Studio

TAPE_Stability Dataset

Description: protein stability prediction.
Number of labels: 1
Problem Type: regression
Columns:
- aa_seq: protein amino acid sequence

Github

VenusFactory: A Unified Platform for Protein Engineering Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning

https://github.com/ai4protein/VenusFactory

Citation

Please cite our work if you use our dataset.

@article{tan2025venusfactory,
  title={VenusFactory: A Unified Platform for Protein Engineering Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning},
  author={Tan, Yang and Liu, Chen and Gao, Jingyuan and Wu, Banghao and Li, Mingchen and Wang, Ruilin and Zhang, Lingrong and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang and Zhou, Bingxin},
  journal={arXiv preprint arXiv:2503.15438},
  year={2025}
}

Downloads last month: 129

Size of downloaded dataset files:

7.48 MB

Size of the auto-converted Parquet files:

2.8 MB

Number of rows:

68,977